MDO2
COMPRENDRE LA DIVERSITE TAXONOMIQUE ET FONCTIONNELLE DES MICROBIOTES PAR APPROCHE METAGENOMIQUE

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Objectifs pédagogiques de la formation :

Savoir extraire l’information de données NGS métagénomiques
Comprendre la diversité taxonomique et fonctionnelle de microbiotes d’intérêt
Savoir conduire une analyse statistique afin d’estimer la richesse de la biodiversité

Public concerné :

Ingénieurs et techniciens biologistes ou bio-informaticiens.
Il est préférable d’avoir des connaissances en bash et R afin de profiter au mieux des travaux pratiques de cette formation.

Durée et lieu :

• Durée : 21 heures sur 3 jours (cette formation regroupant des aspects bioinformatiques et biostatistiques, il est possible de fractionner les différentes étapes afin de cibler les besoins spécifiques des stagiaires sur une plus courte durée si besoin).
• Lieu : En Inter au centre de formation Soladis de Paris ou Lyon (pour consulter le calendrier, cliquez sur “S’inscrire”) ou en Intra sur votre site (minimum de 4 personnes)

Tarifs :

• Inter : 1590€ HT par stagiaire
• Intra : Nous consulter pour une offre adaptée à votre entreprise.

Soladis vous invite à participer à cette formation pour comprendre la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes par approche métagénomique. Cette formation s’adresse à tout public à orientation biologique souhaitant appréhender et comprendre les analyses NGS de type métagénomique.

Programme de la formation

Introduction

• Rappels des concepts de séquençages NGS
• Approche ciblée vs approche globale : métagénomique ciblée, métagénomique des génomes complets, métatranscriptomique
• Présentation des limites et des avantages

Métagénomique ciblée

• Savoir planifier son expérience NGS / Cibler les régions d’intérêt
• Principes d’une analyse bioinformatique de données 16S et ITS
• Exemples de pipeline d’analyse et bases de données de référence
• Contrôles qualité
• Comprendre la diversité taxonomique : profils et tables d’abondance

Métagénomique shotgun

• Principes d’une analyse bioinformatique de données de type shotgun
• Exemples de pipeline d’analyse et bases de données de référence
• Contrôles qualité
• Classifications fonctionnelles
• Visualisations

Estimation de la richesse de la biodiversité

• Mesure de la biodiversité d’un ou plusieurs échantillons (Alpha diversité)
  • Calculs et visualisations
  • Modélisation statistique
• Mesure de la diversité des espèces entre les échantillons (Beta diversité)
  • Calculs et visualisations
  • Modélisation statistique
• Analyse des tables d’abondance
  • Normalisations et visualisations
  • Analyse différentielle des taxons

Application pratique à des cas types

• Exemples de manipulation sur des cas types
• Utilisation de méthodes et pipelines publics (langages R et bash)

N’hésitez pas à revenir vers nous pour plus d’informations concernant cette formation pour comprendre la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes par approche métagénomique pouvant être organisée dans notre centre de formation (dates fournies sur notre site web) ou directement dans vos locaux.