MDO4
ANALYSE DE DONNEES RNA-SEQ

Objectifs pédagogiques de la formation :

Savoir analyser des données de RNA-seq
Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés
Savoir contextualiser les résultats d’expression

Public concerné :

Ingénieurs et techniciens biologistes, biostatisticiens ou bio-informaticiens.
Il est préférable d’avoir des connaissances en bash et R afin de profiter au mieux des travaux pratiques de cette formation.

Durée et lieu :

  • Durée : 28 heures sur 4 jours (cette formation regroupant des aspects bioinformatiques et biostatistiques, il est possible de fractionner les différentes étapes afin de cibler les besoins spécifiques des stagiaires sur une plus courte durée si besoin).
  • Lieu : En Inter au centre de formation Soladis de Paris ou Lyon (pour consulter le calendrier, cliquez sur « S’inscrire ») ou en Intra sur votre site (minimum de 4 personnes)

Tarifs :

  • Inter : 1950€ HT par stagiaire
  • Intra : Nous consulter pour une offre adaptée à votre entreprise.
agnes

Responsable Omics : Agnès ILTIS

« Soladis vous invite à participer à cette formation « Analyse de données RNA-seq » qui a pour objectif de vous former sur l’utilisation d’outils indispensables pour l’analyse de données brutes, la détermination de gènes différentiellement exprimés entre deux groupes ainsi que l’analyse fonctionnelle des résultats. Cette formation « analyse de données RNA-seq » s’adresse aux professionnels en biotechnologie souhaitant approfondir leurs connaissances sur l’analyse de données RNA-seq. »

Soladis vous invite à participer à cette formation sur l’utilisation des outils bioinformatiques et biostatistiques pour l’analyse de données brutes, la détermination de gènes différentiellement exprimés entre deux groupes ainsi que l’analyse fonctionnelle des résultats.

Programme de la formation

Rappel des concepts sur la biologie du NGS

  • Les différents types de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération, paired ou single-end)
  • Profondeur de séquençage vs. nombre d’échantillons pour la reproductibilité de l’analyse
  • Les différentes molécules séquencées et leur intérêt

Du fastq à la matrice d’expression

  • Choix du génome de référence
  • Contrôles qualité des sorties de séquençage
  • Alignement et étapes indispensables post-alignement
  • Contrôles qualité post-alignement
  • Comptage des lectures et transformations

L’analyse d’expression différentielle

  • Prétraitement des données
  • Visualisation des données (ACP, PLS-DA, heatmap)
  • Modélisation statistique et définition de la signature de gènes différentiellement exprimés

L’analyse fonctionnelle des résultats

  • Qu’est-ce qu’une signature d’expression ?
  • Les bases de données de référence
  • Méthodes et données d’entrée
    • Fisher exact test
    • Gene set enrichment analysis
    • Single Sample Signature score

Application pratique à des cas types

  • Exemples de manipulation sur des cas types
  • Utilisation de méthodes et pipelines publics (langages R et bash)

N’hésitez pas à revenir vers nous pour plus d’informations concernant cette formation pouvant être organisée dans notre centre de formation (dates fournies sur notre site web) ou directement dans vos locaux.

institute.soladis-blanc

Soladis
8 rue Bellecombe
69006 LYON - FRANCE

Tél: +33(0)3.28.09.94.70
Fax: +33(0)4.72.83.86.71

Mentions Légales

NOUS CONTACTER

Inscrivez-vous à notre newsletter