MDO4
ANALYSE DE DONNEES RNA-SEQ

Objectifs pédagogiques de la formation :

Savoir analyser des données de RNA-seq
Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés
Savoir contextualiser les résultats d’expression

Public concerné :

Ingénieurs et techniciens biologistes, biostatisticiens ou bio-informaticiens.
Il est préférable d’avoir des connaissances en bash et R afin de profiter au mieux des travaux pratiques de cette formation.

Durée et lieu :

Durée : 28 heures sur 4 jours (cette formation regroupant des aspects bioinformatiques et biostatistiques, il est possible de fractionner les différentes étapes afin de cibler les besoins spécifiques des stagiaires sur une plus courte durée si besoin).
Lieu : En Inter au centre de formation Soladis de Paris ou Lyon (pour consulter le calendrier, cliquez sur “S’inscrire”) ou en Intra sur votre site (minimum de 4 personnes)

Tarifs :

Inter : 1950€ HT par stagiaire
Intra : Nous consulter pour une offre adaptée à votre entreprise.

Responsable Omics : Agnès ILTIS

“Soladis vous invite à participer à cette formation « Analyse de données RNA-seq » qui a pour objectif de vous former sur l’utilisation d’outils indispensables pour l’analyse de données brutes, la détermination de gènes différentiellement exprimés entre deux groupes ainsi que l’analyse fonctionnelle des résultats. Cette formation « analyse de données RNA-seq » s’adresse aux professionnels en biotechnologie souhaitant approfondir leurs connaissances sur l’analyse de données RNA-seq.”

S’inscrire

Soladis vous invite à participer à cette formation sur l’utilisation des outils bioinformatiques et biostatistiques pour l’analyse de données brutes, la détermination de gènes différentiellement exprimés entre deux groupes ainsi que l’analyse fonctionnelle des résultats.

Programme de la formation

Rappel des concepts sur la biologie du NGS

Les différents types de séquençage (1^ère, 2^ème et 3^ème génération, paired ou single-end)
Profondeur de séquençage vs. nombre d’échantillons pour la reproductibilité de l’analyse
Les différentes molécules séquencées et leur intérêt

Du fastq à la matrice d’expression

Choix du génome de référence
Contrôles qualité des sorties de séquençage
Alignement et étapes indispensables post-alignement
Contrôles qualité post-alignement
Comptage des lectures et transformations

L’analyse d’expression différentielle

Prétraitement des données
Visualisation des données (ACP, PLS-DA, heatmap)
Modélisation statistique et définition de la signature de gènes différentiellement exprimés

L’analyse fonctionnelle des résultats

Qu’est-ce qu’une signature d’expression ?
Les bases de données de référence
Méthodes et données d’entrée
- Fisher exact test
- Gene set enrichment analysis
- Single Sample Signature score

Application pratique à des cas types

Exemples de manipulation sur des cas types
Utilisation de méthodes et pipelines publics (langages R et bash)

N’hésitez pas à revenir vers nous pour plus d’informations concernant cette formation pouvant être organisée dans notre centre de formation (dates fournies sur notre site web) ou directement dans vos locaux.