MDO4
ANALYSE DE DONNEES RNA-SEQ

Objectifs pédagogiques de la formation :

Savoir analyser des données de RNA-seq
Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés
Savoir contextualiser les résultats d’expression

Public concerné :

Ingénieurs et techniciens biologistes, biostatisticiens ou bio-informaticiens.
Il est préférable d’avoir des connaissances en bash et R afin de profiter au mieux des travaux pratiques de cette formation.

Durée et lieu :

  • Durée : 28 heures sur 4 jours (cette formation regroupant des aspects bioinformatiques et biostatistiques, il est possible de fractionner les différentes étapes afin de cibler les besoins spécifiques des stagiaires sur une plus courte durée si besoin).
  • Lieu : En Inter au centre de formation Soladis de Paris ou Lyon (pour consulter le calendrier, cliquez sur “S’inscrire”) ou en Intra sur votre site (minimum de 4 personnes)

Tarifs :

  • Inter : 1950€ HT par stagiaire
  • Intra : Nous consulter pour une offre adaptée à votre entreprise.
agnes

Responsable Omics : Agnès ILTIS

“Soladis vous invite à participer à cette formation « Analyse de données RNA-seq » qui a pour objectif de vous former sur l’utilisation d’outils indispensables pour l’analyse de données brutes, la détermination de gènes différentiellement exprimés entre deux groupes ainsi que l’analyse fonctionnelle des résultats. Cette formation « analyse de données RNA-seq » s’adresse aux professionnels en biotechnologie souhaitant approfondir leurs connaissances sur l’analyse de données RNA-seq.”

Soladis vous invite à participer à cette formation sur l’utilisation des outils bioinformatiques et biostatistiques pour l’analyse de données brutes, la détermination de gènes différentiellement exprimés entre deux groupes ainsi que l’analyse fonctionnelle des résultats.

Programme de la formation

Rappel des concepts sur la biologie du NGS

  • Les différents types de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération, paired ou single-end)
  • Profondeur de séquençage vs. nombre d’échantillons pour la reproductibilité de l’analyse
  • Les différentes molécules séquencées et leur intérêt

Du fastq à la matrice d’expression

  • Choix du génome de référence
  • Contrôles qualité des sorties de séquençage
  • Alignement et étapes indispensables post-alignement
  • Contrôles qualité post-alignement
  • Comptage des lectures et transformations

L’analyse d’expression différentielle

  • Prétraitement des données
  • Visualisation des données (ACP, PLS-DA, heatmap)
  • Modélisation statistique et définition de la signature de gènes différentiellement exprimés

L’analyse fonctionnelle des résultats

  • Qu’est-ce qu’une signature d’expression ?
  • Les bases de données de référence
  • Méthodes et données d’entrée
    • Fisher exact test
    • Gene set enrichment analysis
    • Single Sample Signature score

Application pratique à des cas types

  • Exemples de manipulation sur des cas types
  • Utilisation de méthodes et pipelines publics (langages R et bash)

N’hésitez pas à revenir vers nous pour plus d’informations concernant cette formation pouvant être organisée dans notre centre de formation (dates fournies sur notre site web) ou directement dans vos locaux.

institute.soladis-blanc

Soladis - France (siège)
6-8 rue Bellecombe
69006 LYON - FRANCE
Tél: +33(0)4.72.83.86.70

Soladis GmbH - Suisse
Lange Gasse 15
CH-4052 Basel
Phone: +41(0)58.258.15.80

Soladis Inc. - USA
185 Alewife Brook Pkwy, Unit 210
Cambridge, MA 02138-1100
Phone: +1(857).675.1189

Nous contacter

Veuillez activer JavaScript dans votre navigateur pour remplir ce formulaire.

RECHERCHER

Inscrivez-vous à notre newsletter

By clicking on the link below, you will be redirected to Youtube. Third-party cookies may then be installed on your browser. These cookies are not implemented directly by the Soladis Institute site but by the site to which you connect.
Important: these cookies are subject to their own privacy policies and are in no way the responsibility of Soladis.
You can view Youtube's cookie policy by clicking on the following link: Google – Privacy & terms

  Follow Soladis on Youtube

By clicking on the link below, you will be redirected to LinkedIn. Third-party cookies may then be installed on your browser. These cookies are not implemented directly by the Soladis Institute site but by the social network site to which you connect.
These cookies are subject to their own privacy policies and are in no way the responsibility of Soladis.
You can view LinkedIn's cookie policy by clicking on the following link :  LinkedIn – Cookie Policy

Follow Soladis on LinkedIn

En cliquant sur le lien ci-dessous, vous allez être redirigé vers Youtube. Des cookies tiers peuvent alors être installés sur votre navigateur. Ces cookies ne sont pas implémentés directement par le site Soladis Institute mais par le site auquel vous vous connectez.
Important : ces cookies sont soumis à leurs propres politiques de confidentialité et ne relèvent en aucun cas de la responsabilité de Soladis.
Vous pouvez consulter la politique de Youtube en matière de cookies en cliquant sur le lien suivant : Google – Règles de confidentialité et conditions d’utilisation

  Suivre Soladis sur Youtube

En cliquant sur le lien ci-dessous, vous allez être redirigé vers LinkedIn. Des cookies tiers peuvent alors être installés sur votre navigateur. Ces cookies ne sont pas implémentés directement par le site Soladis Institute mais par le site de réseau social auquel vous vous connectez.
Ces cookies sont soumis à leurs propres politiques de confidentialité et ne relèvent en aucun cas de la responsabilité de Soladis.
Vous pouvez consulter la politique de LinkedIn en matière de cookies en cliquant sur le lien suivant : LinkedIn – Politique relative aux cookies

  Suivre Soladis sur LinkedIn