MDO3
ANALYSE GENOMIQUE MICROBIENNE

Objectifs pédagogiques de la formation :

Savoir analyser les sorties d’un séquençage NGS afin d’obtenir le génome le plus complet.
Etre autonome dans l’annotation un génome bactérien.
Comprendre les différences observées entre plusieurs génomes (d’une même espèce ou d’espèces différentes)

Public concerné :

Ingénieurs et techniciens biologistes ou bio-informaticiens.
Il est préférable d’avoir des connaissances en bash afin de profiter au mieux des travaux pratiques de cette formation.

Durée et lieu :

  • Durée : 14 heures sur 2 jours.
  • Lieu : En Inter au centre de formation Soladis de Paris ou Lyon (pour consulter le calendrier, cliquez sur « S’inscrire ») ou en Intra sur votre site (minimum de 4 personnes)

Tarifs :

  • Inter : 1150€ HT par stagiaire
  • Intra : Nous consulter pour une offre adaptée à votre entreprise.
agnes

Responsable Omics : Agnès ILTIS

« Du fait de la diversité et de la spécificité des structures bactériennes, le traitement et l’analyse de données NGS des génomes bactériens possèdent des caractéristiques propres. Soladis vous invite à participer à cette formation « Analyse génomique microbienne » qui a pour objectif de vous former sur l’utilisation d’outils indispensables pour l’analyse, l’annotation et la comparaison de génomes bactériens. Cette formation, alliant cours théoriques et exercices pratiques, s’adresse aux personnes souhaitant approfondir leurs connaissances sur les analyses de base en génomique microbienne. »

Soladis vous invite à participer à ce module de formation spécialisé, s’adressant à tout public à orientation biologique souhaitant appréhender l’analyse génomique microbienne.

Programme de la formation

Rappel des concepts sur la biologie du NGS

  • Les différents types de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération, paired ou single-end)
  • Profondeur de séquençage vs. nombre d’échantillons pour la reproductibilité de l’analyse
  • Les différentes molécules séquencées et leur intérêt

Choisir la bonne méthode d’assemblage

  • Mapping vs. assemblage de novo
  • Quels sont les meilleurs outils pour l’analyse de bactéries
  • Détection des variations par rapport à un génome de référence

Traitements des données de séquençage

  • Contrôle qualité
  • Filtre des reads

Annotation de génomes bactériens et viraux

  • Annotation structurale et recherche de gènes
  • Analyse fonctionnelle : annotation protéique, prédiction de motifs, recherche de domaines, classifications fonctionnelles
  • Recherche de résistance et de virulence
  • Reconstruction métabolique
  • Standards des fichiers d’annotations

Génomique comparative

  • Alignement de séquences
  • Détection de polymorphismes / Analyse de variants
  • Phylogénie
    • Choix du groupe externe
    • Recherche des séquences homologues
    • Théorie sur l’analyse phylogénétique
    • Analyse phylogénétique des échantillons

Application pratique à des cas types

  • Exemples de manipulation sur des cas types
  • Utilisation de méthodes et pipelines publics (bash)

N’hésitez pas à revenir vers nous pour plus d’informations concernant cette formation à l’analyse génomique microbienne pouvant être organisée dans notre centre de formation (dates fournies sur notre site web) ou directement dans vos locaux.

institute.soladis-blanc

Soladis
8 rue Bellecombe
69006 LYON - FRANCE

Tél: +33(0)3.28.09.94.70
Fax: +33(0)4.72.83.86.71

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